Imunocitokemične reakcije so najbolj pogosto uporabljena dodatna metoda v citopatologiji. Uporabljamo jih za opredelitev vrste neoplazme (npr. karcinom, maligni melanom, sarkom, limfom, levkemija), izvora malignoma in določanje napovednih dejavnikov za načrtovanje zdravljenja (npr. hormonski receptorji pri karcinomu dojke).

Citokemične reakcije uporabljamo za dokaz mukopolisaharidov, železa…

Imunofenotipizacijo s pretočnim citometrom uporabljamo predvsem v diagnostiki limfomov, levkemij in za določanje minimalne rezidualne bolezni pri otrocih z akutno limfoblastno levkemijo. Omogoča nam opredelitev celične linije, klonalnosti in antigenskih lastnosti ne-malignih in malignih limfatičnih celic. Na podlagi teh podatkov v večini primerov zanesljivo ločimo med reaktivnimi limfocitnimi proliferacijami in limfomi ter opredelimo za kakšno vrsto limfoma gre. S pretočnim citometrom lahko določimo tudi stopnjo izraženosti celičnih antigenov, ki so pomembni za načrtovanje zdravljenja s tarčnimi zdravili, kot je npr. Rituximab.

Meritve DNK s pretočnim citometrom danes malo uporabljamo. S pretočnim citometrom v tumorskih celicah izmerimo količino DNK ter določimo DNK ploidijo in proliferativno aktivnost tumorja. Ker se je izkazalo, da ima določanje DNK ploidije in proliferativne aktivnosti pri nekaterih vrstah tumorjev napovedni pomen, to metodo uporabljamo za določanje DNK ploidije pri ovarijskih tumorjih, nevroblastomu in akutnih levkemijah pri otrocih.

Določanje visoko tveganih človeških papilomavirusov (HPV). Metoda Hybrid capture 2 (Qiagen) se uporablja kot triažni test za ženske, pri katerih smo s citološko preiskavo brisa materničnega vratu odkrili atipične ploščate celice, celice ploščatocelične intraepitelijske lezije nizke stopnje ali atipične žleznen celice in za določanje ostanka bolezni po zdravljenju CIN2+ ali histološki diagnozi CIN1. Metoda Anyplex TM II HPV HR Detection (Seegene) se uporablja za določanje visoko tveganih genotipov HPV16/18/31/33/35/39/45/51/52/56/58/59/66/68 v vzorcih brisa materničnega vratu in vzorcih citoloških punkcij bezgavk z zasevki ploščatoceličnega karcinoma v področju glave in vratu. 

Molekularno genetske preiskave uporabljamo v diagnostiki nekaterih limfomov in sarkomov ter za določanje napovednih dejavnikov, pomembnih za zdravljenje s tarčnimi zdravili (rak pluč, melanom, rak prostate ...). Teh preiskav v našem laboratoriju ne izvajamo, ampak vzorce pošiljamo na preiskavo v druge laboratorije na Onkološkem inštitutu Ljubljana ali v druge ustanove.